Poté, co byla zbavena svých povinností u Organizace 501, se nyní Motoko Kusanagi musí naučit přijímat rozkazy od Aramakiho. Mezitím neznámý útočník hackne Logicomy a Batou požádá o pomoc bývalého důstojníka armádní rozvědky Ishikawu a experta na vzdušné dělostřelectvo Bormu. Kusanagi se zároveň snaží do nově vznikající Sekce 9 veřejné bezpečnosti naverbovat elitního odstřelovače Saita a policistu v utajení Paze.