L'Empire Galman est détruit, mais la planète Galmania est épargnée grâce à une collision fortuite entre deux galaxies. Les mondes de la Fédération Bolar, y compris la planète Bolar elle-même, sont anéantis. Le Yamato, de nouveau sous le commandement du capitaine Okita, arrive trop tard sur la planète Denguil pour sauver sa civilisation humanoïde d'un déluge provoqué par la planète aquatique Aquarius. Les survivants de Denguil, une race guerrière persuadée que seuls les plus forts méritent de survivre, projettent d'utiliser Aquarius pour engloutir la Terre et exterminer l'humanité afin d'y établir un nouveau foyer pour leur espèce.