Booth et Brennan ont quitté l’Institut Jefferson pour vivre d’autres aventures loin des scènes de crimes et des ossements de victimes. Mais ce départ n’est que de courte durée, et ils sont contraints de revenir six mois plus tard pour travailler sur un nouveau meurtre. Mais pendant ce court laps de temps, beaucoup de choses ont changé et le couple va devoir s’adapter au nouveau modèle instauré.