Het Fringe-team dat twintig jaar in amber bewaard werd is nu een verzetsgroep geworden die vecht voor vrijheid. Peter die herenigd is met zijn ondertussen volwassen dochter Etta zoekt uit wat er met zijn vrouw en Etta's moeder Olivia gebeurd is. Het team begint aan hun missie om de wereld te redden van de 'Waarnemers'.