Młody żołnierz Ledo, wychowany na bezlitosnej wojnie ludzkości z obcą rasą Hideauze, podczas kosmicznej bitwy zostaje przypadkowo przeniesiony na dawno zapomnianą, w całości zalaną oceanami Ziemię. Trafia na ogromną flotę statków Gargantia, gdzie ludzie żyją spokojnie, utrzymując się z połowów i odzyskiwania technologii sprzed kataklizmu, zupełnie nieznających jego wojennej rzeczywistości. Próbując odnaleźć się w beztroskim i chaotycznym dla niego społeczeństwie, Ledo zderza się z innymi wartościami, uczy się życia poza rozkazami i stopniowo odkrywa mroczną prawdę o wojnie, którą dotąd uważał za słuszną i konieczną.