Po porażce w ocaleniu Kurisu, Okabe porzuca rolę „szalonego naukowca” i samotnie zmaga się z depresją, gdy świat nieuchronnie zmierza ku III wojnie światowej. Wszystko zmienia się, gdy spotyka Amadeus - sztuczną inteligencję - i ponownie wikła się w niebezpieczne manipulacje czasem.