No ano de 2015, mais de uma década se passou desde que o evento catastrófico conhecido como Segundo Impacto se abateu sobre a humanidade. Durante esse período de recuperação, alguns poucos selecionados tomaram conhecimento da existência de seres conhecidos como Anjos, entidades colossais e malévolas com a intenção de desencadear o Terceiro Impacto e exterminar o resto da humanidade. Chamado à cidade de Tóquio-3 pelo seu pai, Gendou Ikari, o adolescente Shinji é lançado de cabeça na luta pela sobrevivência da humanidade. Separado de Gendou desde a morte da sua mãe, Shinji presume que o seu pai deseja reparar os laços familiares destruídos; em vez disso, descobre que foi levado para pilotar uma máquina gigante capaz de combater os Anjos, a Evangelion Unit-01. Forçado a lutar contra ondas sucessivas da maior ameaça da humanidade, o jovem rapaz vê-se envolvido num plano que poderá afetar o futuro da humanidade para sempre.