Конфликт выходит на новый уровень, когда силы союзных шиноби сталкиваются с мощным противником под командованием загадочного лидера, действующего из тени и его союзников. На поле боя всплывают старые и новые угрозы — оживлённые враждебные shinobi, чьи силы заставляют союзников буквально держать оборону по всему фронту войны. Тем временем Наруто и Киллер Би, недавно прибывшие на линию столкновения, стараются наверстать упущенное и присоединиться к борьбе, но оказываются втянуты в жестокий оборот событий, когда масштаб боевых действий растёт. Союзные войска переживают трудности в попытках координировать свои действия против превосходящих по силе и численности врагов, где каждая сторона вкладывает всё, что есть, чтобы удержать позиции.