คิรุรุอีกตัวปรากฏตัวขึ้นในมหาสมุทรแปซิฟิกใต้ แต่ก็ถูกปราบโดยสิ่งมีชีวิตลึกลับสองตนที่มีรูปร่างคล้ายเคโรเนียน แต่มีรายละเอียดแตกต่างกันเล็กน้อย ในขณะเดียวกัน เคโรโระและผองเพื่อนได้เดินทางไปเกาะส่วนตัวที่โมโมกะเป็นผู้สนับสนุน ที่นั่น มนุษย์ต่างดาวชื่อเมรุ ผู้ซึ่งอ้างตัวว่าเป็นเจ้าชายแห่งท้องทะเลลึก ได้จับตัวพวกเขาไป และตั้งใจจะทำให้นัตสึมิเป็นเจ้าหญิงของตน โดยกล่าวหาว่าพวกเขาจับตัวเคโรโระไป เคโรโระจึงขอร้องให้พวกเขาช่วยเหลือหน่วยเคโรโระ แต่สุดท้ายก็ถูกขับไล่ออกไป