X学院在一场神秘爆炸中被摧毁,X教授与琴·葛蕾失踪,X战警被迫解散。一年后,反变种人情绪高涨,政府成立“变种人应对部”(M.R.D.)大规模抓捕变种人;与此同时,万磁王在吉诺沙建立变种人国家,试图以强硬手段保护同胞。 在未来时间线中,哨兵统治世界,变种人濒临灭绝。被囚禁的X教授通过精神力量向过去传递警告,希望改变历史。金刚狼挺身而出,重新集结暴风女、冰人、影猫等成员,重建X战警,对抗兄弟会、莫乔以及不断升级的哨兵计划。 随着琴·葛蕾与凤凰之力的真相逐渐浮现,过去与未来两条时间线交织推进,一场关乎人类与变种人命运的终极决战逐步逼近。