Rok 2021, obszar Tokio. Większość ludzkości została zdziesiątkowana przez pasożytnicze Gastrea. W ramach ruchu oporu przeciwko Gastrea, licealista Satomi Rentaro pracuje jako funkcjonariusz cywilny w Tendo Civil Security. Podczas jednej z misji spotyka podejrzanego mężczyznę w masce i smokingu - Hiruko Kagetane.