L'indagine si concentra su un serial killer che prende di mira i maestri di shōgi, lasciando scacchiere mutilate come macabra firma. Conan, analizzando i supporti mancanti, intuisce che l'assassino mira a compiere altre due esecuzioni. Poco dopo, un rogo doloso svela la terza vittima carbonizzata, accompagnata da una scacchiera con un solo supporto: manca un ultimo obiettivo. Shukichi, avendo identificato il colpevole, lo affronta da solo sperando di convincerlo a costituirsi, ma viene sequestrato e rinchiuso nel suo covo. Allarmata dal silenzio del fidanzato, Yumi avverte Conan, il quale coordina una complessa operazione coinvolgendo i genitori e Akai. Grazie a un lavoro di squadra tra le menti più brillanti della serie, il gruppo riesce a risalire all'identità dell'omicida e a localizzare il nascondiglio prima che la vendetta sportiva si concluda in tragedia.