Un tragico errore porta all'assassinio del presidente di una società di videogiochi, ma l'omicida, in preda al panico, sequestra una bambina all'interno di un centro commerciale. Conan interviene prontamente e riesce a liberare la piccola ostaggio, finendo però catturato dal malvivente che lo trascina in un rifugio segreto. Durante la prigionia, il piccolo detective intuisce che l'uomo non è un criminale spietato, ma una pedina manipolata in un complotto più grande. Conan contatta segretamente il Professor Agasa, chiedendogli supporto non per facilitare la cattura, ma per proteggere il rapitore: l'uomo è infatti braccato sia dalla polizia che dal vero mandante dell'omicidio, intenzionato a eliminare l'unico testimone scomodo.