La tensione a bordo del Bell Tree Express sale con la presenza di Subaru Okiya, accompagnato da una donna misteriosa, e di Toru Amuro. Mentre Kogoro e Masumi conducono le indagini sull'omicidio reale avvenuto sul treno, Conan coordina le mosse per proteggere Ai. Intanto, Gin e Vodka attendono l'arrivo del convoglio alla stazione di Nagoya, pronti a farlo esplodere dopo aver ricevuto da Vermouth la conferma della presenza di Sherry a bordo. Ai, terrorizzata da un messaggio minatorio di Vermouth, fugge dalla cabina con l'intenzione di assumere l'antidoto e affrontare il suo destino da adulta; tuttavia, Subaru Okiya la intercetta improvvisamente, rivolgendole una frase enigmatica che richiama il ricordo di sua sorella Akemi.