Durante un pomeriggio con i Giovani Detective, l'attenzione di Conan viene catturata da una strana sessione di addestramento al tiro a segno, dove un uomo sembra essere costretto con la forza a esercitarsi. Il ritrovamento di un messaggio in codice su una calcolatrice conferma i sospetti del piccolo detective: si tratta di una disperata richiesta d'aiuto. Grazie a un'intuizione di Ran, Conan riesce a decifrare il misterioso segnale e scopre un piano spaventoso: l'uomo è un cecchino ricattato da una banda di criminali per compiere un omicidio a bordo di un treno in corsa. Inizia così una frenetica corsa contro il tempo per identificare la posizione del tiratore e sventare l'attentato prima che venga premuto il grilletto.