Conan accerta che l'ingegnere è stato vittima di un omicidio e ne identifica il responsabile. Sfruttando la confusione generale, riesce a copiare sul proprio dischetto il diario digitale di Itakura, sperando contenga dettagli cruciali sui progetti dell'Organizzazione. Una volta al sicuro con il Professor Agasa, Conan inizia l'analisi del testo, scoprendo i timori dell'uomo riguardo alle richieste dei "Neri". Mentre rientra all'agenzia con Ran, il piccolo detective si imbatte nuovamente nell'enigmatico Shuichi Akai, la cui costante presenza nell'ombra continua ad alimentare i suoi sospetti.