Kogoro riceve una lettera anonima da un sospettato coinvolto in un vecchio omicidio e si mette in viaggio con Ran e Conan verso una locanda isolata. Lungo la strada, un uomo li esorta a visitare la tomba di un bambino annegato undici anni prima, un evento che sembra ancora tormentare la zona. Giunti a destinazione, un giornalista alimenta le leggende locali sostenendo che l'assassino sia un kappa, una creatura mitologica acquatica. Il mistero si infittisce quando Ran, durante una ricerca notturna nei pressi della tomba, scorge una sagoma mostruosa tra le ombre. Il mattino seguente, il proprietario della locanda viene trovato morto nella soffitta dell'edificio; l'ispettore Yamamura interviene per risolvere il caso, mentre Conan indaga sul legame tra il delitto presente e la tragedia del passato.