Il Professor Agasa organizza una caccia al tesoro per i Giovani Detective all'interno della residenza appartenuta ai suoi zii. Seguendo gli indizi, i ragazzi riescono a scovare il nascondiglio, ma scoprono con disappunto che i giocattoli del premio sono stati deliberatamente manomessi. Mentre il gruppo cerca di capire chi possa essersi introdotto furtivamente nel palazzo, emerge un secondo enigma: su diversi arredi della casa compaiono misteriosi simboli raffiguranti lune, stelle e soli, colorati in modo differente. Conan intuisce che si tratti di un antico codice segreto lasciato dagli zii di Agasa per nascondere un mistero ben più profondo.