Un malvivente viene rinvenuto cadavere nei pressi di un tempio il giorno dopo aver compiuto una rapina. Mentre Takagi e Chiba avviano i rilievi, Kogoro viene ingaggiato dal sacerdote locale, preoccupato per alcune minacce ricevute. Nel frattempo, Conan raccoglie le testimonianze discordanti di due donne: entrambe affermano di aver visto il padre di due attivisti contrari ai lavori del tempio nello stesso momento, ma in luoghi distanti del quartiere. Intuendo un paradosso spazio-temporale, Conan comprende che i due casi sono strettamente connessi e che qualcuno ha sfruttato la somiglianza fisica per crearsi un alibi. Utilizzando la voce di Kogoro, il piccolo detective decifra gli indizi e localizza il bottino seppellito dal ladro, smascherando l'assassino e svelando il movente legato ai dissidi per la gestione dell'area sacra.