In una giornata dedicata allo sport, Kogoro, Ran, Sonoko e Conan si godono una sfida di baseball tra licei locali. Tuttavia, la competizione viene macchiata da un atto vandalico simbolico quanto misterioso: qualcuno si è introdotto nell'ufficio del preside e ha tagliato la prestigiosa bandiera del campionato scolastico. Su insistenza di Ran, Kogoro inizia a indagare tra i membri dello staff e gli studenti per scoprire il responsabile. Conan, analizzando i tempi e le modalità dell'intrusione, capisce che il gesto non è una semplice bravata, ma nasconde un risentimento personale legato alle gerarchie scolastiche e al passato sportivo dei sospettati.