Kuroda mette Yamato sotto stretta sorveglianza, ma il detective si allontana per indagare in autonomia. Nel frattempo, il sergente Akiyama cade in una trappola mortale: attirato su un monte da un messaggio anonimo, viene ucciso brutalmente dalla caduta della sua auto in un precipizio. Il ritrovamento della mail dell'appuntamento, firmata apparentemente da Yamato, spinge Kuroda a emettere un mandato di cattura contro di lui. Conan, tuttavia, difende Yamato e analizza le prove, attirando l'attenzione di Kuroda, che lo definisce apertamente la mente dietro "Kogoro il Dormiente". Durante il rientro alla centrale, Conan, Morofushi e Uehara ricollegano i tasselli del puzzle: il piccolo detective intuisce che l'assassino sta manipolando le prove per incastrare Yamato e vendicare un fatto di sangue legato al passato della squadra di Takeda.