Ai confida a Conan che le sue ricerche per l'Organizzazione miravano a qualcosa di apparentemente privo di valore e rivela che i suoi genitori erano considerati "scienziati pazzi" dalla comunità scientifica. Con un astuto tranello, la ragazza spinge Conan ad ammettere il suo recente e pericoloso incontro con i "Neri" e il suo rifugio nell'armadietto. Nel frattempo, i Giovani Detective aiutano Ayumi a disporre una collezione di bambole tradizionali in un'abitazione privata. Durante la giornata, un collezionista insiste inutilmente per acquistare una preziosa pergamena custodita nella casa. Approfittando di un momento di assenza della proprietaria, dei ladri fanno irruzione mettendo tutto a soqquadro e trafugando il prezioso rotolo.