Conan e Heiji ispezionano il rifugio dove hanno trascorso la notte, rinvenendo misteriosi messaggi incisi su porte e arredi. Un violento fragore li spinge all'esterno, dove scoprono che l'imbarcazione precedentemente scomparsa si è schiantata contro il molo. Il natante è giunto sull'isola attivato dal pilota automatico, trasportando una macabra scoperta: il capitano è morto e il suo corpo è stato legato saldamente all'esterno della barca. I due detective iniziano a indagare sulla complessa meccanica del delitto, convinti che l'assassino abbia utilizzato il movimento dell'imbarcazione come un ingegnoso timer per eliminare l'unico testimone e tornare sul luogo del primo omicidio.