Shuichi Akai sveste i panni di Subaru per soccorrere il fratello Shukichi, il quale riesce a inviare la propria posizione GPS eludendo la sorveglianza del sequestratore. Conan, nel frattempo, decifra l'astuta manipolazione temporale dei delitti: l'assassino ha ucciso le vittime in ordine inverso rispetto al loro ritrovamento per costruirsi un alibi artificiale. Grazie ai segnali in codice inviati da Shukichi all'interno del condominio, Conan e Akai irrompono nel covo e traggono in salvo il campione di shōgi. Una volta al sicuro, Shukichi confida al fratello maggiore la preoccupazione per Mary, svanita nel nulla e irraggiungibile telefonicamente. Akai, mantenendo segreta la propria sopravvivenza alla madre per proteggerla, rassicura il fratello sulla tempra della donna, mentre affida a Camel il compito di recuperare le tracce balistiche dell'operazione per non lasciare indizi ai "Neri".