I sospetti di Ran sull'identità di Conan raggiungono il punto di rottura quando la ragazza nota l'incredibile somiglianza tra il bambino e Shinichi senza occhiali. Mentre la tensione tra i due cresce, Kogoro viene coinvolto nel presunto suicidio di un celebre mago. Ran, trovando una vecchia foto che lega Shinichi alla vittima, si convince sempre più di avere ragione. Proprio quando Conan è con le spalle al muro, l'improvvisa comparsa di sua madre Yukiko lo salva, fornendo un alibi perfetto. La donna porta poi il figlio in una villa isolata per aiutare un'amica a smascherare un possibile impostore che mira all'eredità di famiglia. Tra omicidi che ricalcano vecchi delitti irrisolti e frecce scoccate dall'oscurità, Conan dovrà risolvere un intricato mistero familiare, culminando in un incontro inaspettato con suo padre Yusaku.