Un uomo chiede l'aiuto di Kogoro per ritrovare un orologio smarrito, ma sono i Giovani Detective e Agasa ad accettare l'incarico. Durante le ricerche nell'abitazione, una vicina dell'uomo muore colpita da un vaso mentre guarda la TV; la dinamica suggerisce un'aggressione esterna. Nel frattempo, Takagi confida a Conan un dettaglio inquietante: qualcuno ha sottratto e poi restituito anonimamente i fascicoli di tutti i casi risolti da Kogoro. Il furto è avvenuto il giorno dell'interrogatorio per il dirottamento dell'autobus, restringendo i sospetti su tre figure ambigue: Jodie, il dottor Araide e Shuichi Akai.