Mentre i Giovani Detective accudiscono i conigli della scuola, Ai esprime il timore che Gin e Rum siano sulle sue tracce. La tensione sale quando Sho Murata, un ex studente della Teitan, la chiama "Shiho" per la somiglianza con Akemi Miyano, la sorella di una sua vecchia compagna. Sho, Seiko e Gaku sono alla scuola per una rimpatriata e intendono recuperare una capsula del tempo nascosta da Akemi tredici anni prima. Rumi Wakasa, udendo il nome di Shiho Miyano, la ricollega immediatamente alla scienziata traditrice dell'Organizzazione coinvolta nel caso Haneda. La maestra Kobayashi mostra un codice lasciato da Akemi per localizzare il contenitore, contenente messaggi per i compagni e per la sorella. Conan, notando l'agitazione dei tre ex studenti davanti all'enigma, decide di guidare le ricerche, promettendo ad Ai di recuperare segretamente il messaggio privato di Akemi per proteggere la sua identità e i suoi ricordi.